Yıldız Teknik Üniversitesi Mimarlık Fakültesi Mimarlık bölümünden 1987 yılında mezun oldu.

1991’de aynı üniversitenin Yapı Fiziği Anabilim Dalı’nda yüksek lisansını tamamlayan Kesgün, Mim Yapı Mimarlık aile şirketinin kurucuları arasında yer aldı.

2000 yılında Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Deontoloji ve Tıp Tarihi Anabilim Dalı’nda Ord. Prof. Dr. A. Süheyl Ünver Nakışhanesi’nde Geleneksel Türk Sanatları’nda Gülbün Mesara yönetiminde Tezhip, Nusret Çolpan yönetiminde Minyatür dersleri almaya başladı.

Minyatür ve Tezhip dalında pek çok karma sergiye katılarak sergi katalogları ve yayınlarında yer aldı. 2003 yılında Artemis Heykel Döküm Atölyesi’nde, Takı Tasarımı ve Üretimi eğitimi alarak takı ve heykel sergilerine katıldı.

Aldığı mimarlık eğitimi ve sanata olan gönül yakınlığı ile 2011 yılında Mimsanat Akademisi’nin kurucularından oldu.

Türk Süsleme Sanatları üzerine eğitim veren Mimsanat Akademisi’nde yöneticilik yapan Fatma Kesgün, aynı zamanda hocası Minyatür Sanatçısı Nilgün Gencer ile birlikte Minyatür çalışmalarına devam etmektedir.

2015 yılında düzenlenen 18. Devlet Türk Süsleme Sanatları yarışmasından ‘’ Edirne’nin ŞAHeseri’’ isimli eseriyle ödül aldı. Toplumun sanatla yüceleceğine inanan Kesgün, çocuklara yönelik sanat eğitimleri veren Mim Sanat Derneği kurucuları arasında olup, Yönetim Kurulu Başkanlığı görevini yürütmektedir.